Ve 13. století - údajné založení kostela v jižní části dnešního náměstí. Tento domnělý kostel měl být roku 1423 zničen husitskými vojsky (v té době byla města Kroměříž a Přerov obsazena husity). Koncem 15. století (v 16. století?) - založení nového kostela (modlitebny) bez věže českými bratry. Stavba byla z kamene, menší a nižší než dnes. V době rekatolizace v roce 1662 proběhlo přestavění kostela a vysvěcení na katolický chrám. V roce 1663 byl kostel značně poškozen vpádem Turků (Tatarů), kteří podnikali loupežné výpady při obléhání Vídně a Olomouce. Poté byl kostel obnoven, přestavěn ve formě venkovského baroka s přechodem do empírového slohu. Ve druhé polovině 18. století byly přistavěny boční kaple a vestavěna hudební kruchta.

Kostel můžeme vidět jako orientovanou podélnou jednolodní stavbu s odsazeným trojboce uzavřeným kněžištěm, k jehož jižní zdi přiléhá čtyřboká sakristie s oratoří v patře. Západní průčelí kostela, završené štítem, člení rámující lizény. Ty jsou na nárožích překryty pilastry s římsovými hlavicemi. Nad hlavním vchodem do kostela (v supraportě) je mozaika Krista od Viktora Foerstra (1906). V hlavní lodi je valená klenba a pilastry s kompozitními hlavicemi.

Hlavní oltář byl vybudován v r. 1774. V roce 1897 nový hlavní oltář vysvětil olomoucký arcibiskup Theodor Kohn. Oltářní obraz Maří Magdalény na poušti namaloval brněnský malíř Šichan a byl instalován do kostela 16. 10 1897 při zřízení nového oltáře. Na kůru je původní oltářní obraz Kristus na kříži se sv. Maří Magdalénou namalovaný kroměřížským malířem Františkem Stroblem. Části hlavního mramorového oltáře z roku 1897 od sochaře Havláska se dnes nacházejí na kněžském hrobě na místntím hřbitově. Autorem původní štukové výzdoby je František Ondřej Hirnle (17. století), u paty sloupů figury sv. Petra a Ondřeje, ve volutovém nástavci sochy adorujících andělů a andílků doplněné okřídlenými hlavičkami na obláčcích.

V lodi je protějšková dvojice romanticko - eklektických retabulových oltářů s autorsky jednotnými obrazy: Na oltáři sv. Barbory obraz světice, na oltáři sv. Jana Nepomuckého Zpověď královny Žofie od Jana Blažka z Kroměříže (1866).

Přízední kazatelna je z konce 18. století.

V nikách lodi jsou dvě tvarově blízké zpovědnice s nápisy v kartuších (1733, 1731).

Koncem 19. století byla pořízena bílá kasule a na ni přenesena výzdoba z roucha pocházejícího ze 17. století: pestrobarevné rostlinné úponky s akantovými listy a květy plasticky šité vlněnou nití.

U vítězného oblouku jsou přízední sokly se sloupovými retábly, na nichž je vlevo socha P. M. Lurdské, vpravo sv. Josefa s Ježíškem.

Levá čtyřboká kaple se sousoším Piety (kaple Sedmibolestné Panny Marie), s barevnými okny (1926) znázorňujícími sv. Václava a sv. Ludmilu, a s mramorovou deskou se jmény padlých vojáků z I. světové války.

V protější čtyřboké kapli s bočním vchodem (zpovědní místnost) je socha pražského jezulátka a sv. Josefa. Ve vitráži kaple je sv. Anna a Panna Marie (1936).

Nový oltář a svatostánek z r. 1998 je zhotoven podle návrhu architekta Tomáše Černouška

Varhany jsou z dílny Riegrů z Krnova z roku 1927.

První písemná zmínka o farní budově pochází z roku 1544. Nynější budova je z první poloviny 18. století. V sále, ve kterém se nachází fabionový strop a iluzivní malby (okolo r. 1870?), stojí klasicistní, černě polévaná kamna z pálené hlíny zdobená reliéfovými píšťalami a pletencem.

Na faře jsou obrazy olomouckých biskupů V. H. Schrattenbacha (1711-38) a L. B. Egkha (1758-60). Další dvě olejomalby znázorňují neznámého preláta a místního kněze Ignáce Horeckého. (Dle jiného pramene obrazy znázorňují: 1. olomouckého arcibiskupa kardinála von Lichenstein, 2. olomouckého arcibiskupa kardinála Troyera, 3. olomouckého biskupa von Hamilton, 4. olomouckého biskupa von Eck, 5. posledního velehradského preláta Filipa Turyho.)

Ještě roku 1606 působil na faře luteránský kněz. V roce 1753 vypukl v Němčicích velký požár, vyhořel celý střed obce, fara i věž.

Nejstarší kostelní matrika je dochovaná z roku 1676. Z roku 1818 máme první farní kroniku.

Samostatná zvonice (alespoň její stavební jádro) je zřejmě starší než nynější kostel, mladší však než stavební jádro kostela, což je kostel českých bratří. Věž byla prý vybudována kolem roku 1662. Je vysoká 37 metrů. Zvonicové patro, které člení zvenčí pilastry, je pozdně barokní. K největšímu poškození věže došlo na jaře 1945 při přechodu válečné fronty (věž byla bez střechy). Roku 1947 byla věž nákladem městečka opravena.

Původní zvony byly poškozeny při požáru v roce 1753. V roce 1873 obec zakoupila čtyři nové zvony. Tyto zvony byly odebrány na válečné účely v roce 1917. Další nové zvony se instalovaly na věž v roce 1927 (5 zvonů z dílny Buřil a Riss z Kuklen u Hradce Králové). Zvony byly zase odebrány na válečné účely v roce 1942. V roce 1968 se pořídily nové zvony (5 zvonů z firmy Franz Schilling Soehne z Apoldy, bývalé NDR. Zvony nesou jména: Sv. Václav (900 kg), sv. Cyril a Metoděj, P. Marie, sv. Maří Magdaléna, sv. František (20 kg) - umíráček).

Kříž bratrstva živého růžence z roku 1874, stojí u vchodu na kostelní kůr.

Kříž u kostela z r. 1745. Je to drobný kříž s plastickým korpusem Krista. Spočívá na mohutném konickém podstavci, na něm je reliéf sv. Rozálie a okřídlené hlavičky andílků.

Sv. Jan Nepomucký (u kostela) z roku 1717, dílo Davida Zürna ml.

Sv. František Xaverský (u kostela) je z 18. století.

Pomník sv. Cyrila a Metoděje byl postaven v roce 1885 na památku tisíciletého úmrtí sv. Metoděje. Na pomníku je vztyčen jedenáctimetrový sloup se sochou Neposkvrněné Panny Marie, autorem je Antonín Beck z Kroměříže.

Sv. Juda Tadeáš (na náměstí) pochází pravděpodobně z r. 1731, zhotovil jej barokní sochař Bohumír Fritsch.

Kolem kostela byl až do roku 1856 hřbitov, kdy byl zrušen. Nový hřbitov byl zřízen za obcí směrem na Víceměřice už v roce 1833.